Từ năm 1960 ở nhà tù Côn Đảo, địch ra sức tăng cường mức độ bóc lột khổ sai bằng hình thức tổ chức “lao động cộng đồng” vào các ngày chủ nhật.
Tháng 4/1965, địch bắt tù nhân án chung thân bị cấm cố ở Trại 2 (Phú Hải) đi xây Chùa Núi Một, người tù phải khuân vật liệu: cát, đá, ximăng… từ dưới chân núi lên đỉnh núi. Tại hiện trường tù nhân phản đối quyết liệt, trật tự theo dõi, nhăn mặt nhưng không có phản ứng gì. Đến chiều khi về trại giam, địch không cho tù nhân tắm, cho ăn cơm như thường lệ mà bắt tù nhân chào cờ nhốt vào phòng giam, sau đó chúng thanh lọc ra 63 người cho là cốt cán, cầm đầu nhốt vào xà lim (hầm đá) Trại II, 63 người tù bị nêm chật trong 2 hầm đá xếp đứng hình như không còn chỗ cử động, không khí không đủ để thở, địch dùng bao bố bịt lổ thông hơi, hòng biến 2 hầm đá thành hai nấm mồ tập thể, nhiều người tù bị ngạt thở. Đồng chí Mai Văn Xinh quê Bến Tre đã bị chết ngạt tại hầm đá trại 2 vào ngày 01/5/1965 (hiện nay mộ đ/c yên nghỉ tại khu C Nghĩa Trang Hàng Dương Côn Đảo).
Sau năm 1975, chùa là nơi thờ Phật của người dân trên đảo, là công trình văn hóa nằm trong quần thể khu di tích lịch sử, danh thắng của huyện Côn Đảo, đã được tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu công nhận di tích lịch sử văn hóa và danh thắng cấp tỉnh theo quyết định số 4025/QĐ-UBND ngày 04/12/2009.
Là một di tích lịch sử gắn liền với địa danh Côn Đảo. Về cơ bản, việc xây dựng, tôn tạo chùa Núi Một bằng nguồn vốn xã hội hóa để đáp ứng nguyện vọng của nhân dân và chính quyền địa phương có tác dụng gắn kết việc phát huy giá trị di tích lịch sử Nhà tù Côn Đảo với việc xây dựng, tôn tạo chùa Núi Một để địa danh này trở thành một điểm danh lam thắng cảnh phục vụ nhu cầu hưởng thụ văn hóa, tinh thần của nhân dân, đồng thời phát triển du lịch bền vững là hết sức cần thiết và có ý nghĩa.
Và trong một thời gian dài, chùa Vân Sơn không có người chăm nom, hương khói nên theo thời gian đã bị hư hại. Với sự quan tâm của Giáo hội PGVN và tổ đình Vĩnh Nghiêm sáng lập năm 1964 (TP HCM) cũng như việc thành tâm cúng dàng của các Phật tử và việc góp sức của toàn thể nhân dân, ngôi chùa Vân Sơn – Núi Một đã được khởi công xây dựng.
UBND huyện Côn Đảo và Bộ Văn Hóa Thể Thao và du lịch với sự tài trợ của Báo công an nhân dân, Quỹ thiện Tâm, cty Vicom… đã tổ chức khởi công dự án “Đầu tư xây dựng tôn tạo di tích chùa Núi Một. Sau gần một năm thi công trùng tu và tôn tạo chùa Vân Sơn đã hoàn thành 3/12/2011 với tổng vốn đầu tư gần 100 tỷ đồng.
Tổng diện tích quần thể khu di tích này là 19.434 m2 được đầu tư trùng tu, nâng cấp, và xây dựng các hạng mục: Cổng chùa, Gác chuông, Tượng Phật, Miếu Địa Tạng, Miếu Sơn Thần, Nhà tổ, Nhà khách và các hệ thống hạ tầng kỹ thuật giao thông, cấp điện, cấp thoát nước.
“Việc trùng tu chùa Vân Sơn – Núi Một là việc làm cần thiết và có ý nghĩa lớn đối với việc xây dựng cho Côn Đảo phát triển thành khu kinh tế du lịch văn hóa tâm linh theo quan điểm phát triển chung của tỉnh Bà Rịa Vũng Tàu đến năm 2020, với quy hoạch bảo tồn Di tích Lịch sử Văn hóa Cách mạng, nhà Trường giáo dục đạo đức muôn đời cho con cháu các thế hệ mai sau. Đối với Giáo hội Phật giáo Việt Nam, đây cũng là một đơn vị cơ sở Phật giáo tỉnh Bà Rịa Vũng Tàu thuộc Giáo hội Phật giáo Việt Nam ngày càng phát triển trang nghiêm, ổn định trong lòng dân tộc, làm tốt Đạo đẹp Đời. Như Cổ Đức đã nói:
Sớm trống tối chuông cảnh người đợi trong bể ái
Lời kinh tiếng kệ giục người thức tỉnh sau cơn mê
Sau gần một năm thi công trùng tu, tôn tạo chùa Vân Sơn – Núi Một đã được hoàn thành tốt đẹp. Từ nay, ngôi chùa Vân Sơn – Núi Một sẽ được tiếp tục tồn tại và phát triển trang nghiêm, mang một ý nghĩa giáo dục đạo đức to lớn đối với con người và xã hội hôm nay và mai sau trên huyện đảo Cách mạng, Văn hóa, Lịch sử muôn đời của dân tộc Việt Nam, trong đó có Giáo hội Phật giáo Việt Nam của thời đại Hồ Chí Minh lịch sử tên vàng ngàn sao lấp lánh, cầu cho Thế giới Ta bà, vườn hoa xã hội nở hoa bốn mùa; đồng thời đã góp phần xây dựng nền văn hóa tâm linh và lịch sử cách mạng cho tất cả du khách thập phương và đồng bào trên đảo Côn Sơn này.
Đây là một di tich cấp tỉnh đã được UBND tỉnh phê duyệt quyết định đầu tư trùng tu nâng cấp tổng thể khu vực chùa và danh thắng Núi Một nhằm đưa quần thể di tích này thành một công trình kiến trúc văn hóa thể hiện được tinh thần dân tộc Việt.
Việc tổ chức công trình được thực hiện hài hòa với cảnh quan môi trường xung quanh kết nối với hệ thống di tích lịch sử cách mạng ở Côn Đảo.